
В 1578 році під тиском запорізьких козаків польський король Стефан Баторій офіційно передав його у володіння сечовикам. Землі поблизу монастиря король передав козакам під зимові квартири. В 16-17 століттях, село Трахтемирів, мало статус козацької резиденції. Саме тут працював уряд козаків, обирали гетьманів, приймали іноземних послів і майстрували козацькі флотилії. Запорожці відбудували Трахтемирівський монастир і при ньому спорудили військовий госпиталь. Це був перший лікувальний заклад для поранених, хворих і немічних воїнів в Україні. Таким чином Трахтемирів довго був центром політичних і військових, а також суто козацьких і релігійно-національних інтересів.

Про козацьке минуле Трахтемирова, на жаль, нагадують тільки козацькі могили та кам"яні хрести, свідки славного минулого цього краю. У результаті спеціальних досліджень на території заповідника було виявлено близько 70 регіонально- рідкісних видів представників рослинного та тваринного світу, а також видів які занесені до Червоної книги.
Трахтемирівський заповідник є унікальним природним і археологічним об"єктом в Україні, де в нерозривній єдності співіснують пам"ятки історії, археології і природи.